עם כיבושה של צ'כיה ע"י הגרמנים פעלו בה מספר תנועות גדולות : "מכבי הצעיר", "אל-על" וחלק מפעילי "החלוץ" שעם הכיבוש נתקעו בצ'כיה. רוב צעירי "החלוץ" היו בהכשרה בצ'כיה, במורביה. הקבוצה כולה מנתה בין 300 ל-400 איש. והיו גם צעירים מהכשרה בודדת, כ-200 – 100 איש. עם הכיבוש זרם נוער יהודי שלא מצא את מקומו בצ'כיה והצטרף לתנועת "החלוץ". הייתה זו קבוצה של מאות ואולי אלפי צעירים. הוקמו קבוצות הכשרה שעסקו בעיקר בחקלאות. (בשנת 1939 היו בקבוצות הכשרה כ-950-800 איש). אך היו גם קבוצות שעסקו בסלילת כבישים. העבודה נעשתה ללא שכר. חברי "החלוץ" עבדו תמורת מזון והסתפקו בעובדה שהוציאה את הנוער מפראג. תפקידם היה לרכז ולחנך את הנוער (יהודי ולא יהודי) ולשלב אותו במסגרת ההכשרה והתנועה. הם גם היו פעילים בעליה ב'. ב-1939-40 עזבו את צ'כיה כמה מאות בני נוער, אך גורלם היה מר. חציים הגיע ליוגוסלביה ונתקע שם, והשאר היו על ה"פטריה".
הקשר היחידי באותה עת עם הארץ היה באמצעות נתן שוולב. בקיץ 1940 ניסה החלק המגשים (שכלל חלק מיוצאי קרפטו-רוסיה) לעבור לבולגריה. חלקם הצליח במשימה, אולם חלקם התקשרו למבריח במורביה שניסה להבריח אותם בקבוצות קטנות. הניסיון נכשל, כאשר התארגנו בקבוצה גדולה יותר (14 איש) נתפסו והוצאו להורג בתליה. אז גם נפסקה עליה ב' – וחברי החלוץ החלו להתמקד במציאת מקומות הכשרה.
עם תחילת המשלוחים בסתיו 1942 – היו קבוצות ההכשרה בעיקר מצ'כיה, (כ-750-800 איש). למשלוח הראשון היו קשיים. חסרו אנשים נאלצו לאלתר על מנת לגייס את המכסה למשלוח. הכניסו לטרנספורט את כל חברי "החלוץ" ובית החלוצות (כ-300 איש ואישה) במאמץ רב בוטל רוע הגזרה.
ב-1942 התחילו לחסל קבוצות ההכשרה ועברו לטרזין. דב הרשקוביץ הגיע לטרזין ביולי 1942 ומצא שם כמה מאות חברי החלוץ. הפעילות החלוצית הייתה מאוד מוגבלת, וכללה שיחות מקומיות, ללא כל ארגון וללא מטרות מוגדרות.
בועידת החלוץ בספטמבר 1942 הוחלט על איחוד של כל הזרמים – השמאל והשמאל הקיצוני. היו ויכוחים סוערים בתוך התנועה ונוצרה בעיה כללית של שמירה על צלם האדם בתוך הגטו. נעשה ניסיון להתרכז בעזרה הדדית, עזרה לזולת.
יש לציין כי איש מאנשי החלוץ לא השתתף בארגון של משטרת הגטו.
אדלשטיין חיפש 30-20 צעירים, מדריכים, רווקים, שיתנדבו לעבוד עם קבוצת ילדים מפולין. קבוצה זו של מתנדבים הייתה מטובי חברי החלוץ וגורלם היה מר. לא היה קשר עם הילדים, רק אחד הגיע לשם וקיבל מסר שהילדים מספרים דברים מחרידים וגורל המתנדבים היה דומה לגורל הילדים.
הגרמנים אפשרו התארגנות ברמה מסוימת – תיאטרון, פעילות תנועתית, ערבי שבת – כל זמן שלא נפגעה רמת הבטיחות שלהם.
בסתיו 1943 נסע חלק מאנשי החלוץ לאושוויץ ונשארו לא יותר מ-850 אנשי החלוץ בטרזין. שם המשיכו לפעול בכל הנושא הציוני – המטרה הייתה להחזיק מעמד. העיקר שהחלק הביולוגי – הצעירים של העם – יישארו. זה היה המסר, הצוואה של אדלשטין, וכך המשיכו עד סתיו 44. ואז נשלחו כמעט כל חברי החלוץ לפולין בטרנספורט כ-250 איש).
גם באושוויץ נשארו חברי החלוץ ביחד. כך כמעט רוב הזמו, מאושוויץ – עברו דכאו – למחנה ג' ו-ד' בתנאי חיים קשים ביותר. כמעט בלי קורת גג. התמותה הייתה גבוהה. אנשים רבים וטובים אבדו. נשארו בחיים מעט אנשים מקבוצה זו.
יום לפני השחרור כשהובילו אותם לאלפים – נותרו 10-12 חברי החלוץ ניצולים. "זמיר" – יוסל'ה ויס – נורה למוות 4 שעות לפני השחרור.