ב-28 באוקטובר 1918 הוקמה הרפובליקה הצ'כוסלובקית הראשונה (לאחר פירוק האימפריה אוסטריה-הונגריה בתום מלחמת-העולם הראשונה) שכללה את ארצות בוהמיה ומורביה (צ'כיה של ימינו בקירוב) וחבל הסודטים, סלובקיה וקרפטו רוס, ובני לאומים שונים צ'כים, סלובקים, רותנים, גרמנים, יהודים ועוד.
עליית הנאצים לשלטון בגרמניה בראשותו של היטלר ב-1933 עוררה רגשות לאומנים בקרב שלושת מיליון הגרמנים, שהיוו את רוב תושבי חבל הסודטים. באוקטובר 1933 הקים שם קונרד הנליין את החזית הגרמנית, מפלגה ימנית של גרמנים צ'כוסלובקים, שבשנת 1935 שינתה שמה למפלגת הגרמנים הסודטים (SDP) ודרשה אוטונומיה לחבל הסודטים.
לאחר סיפוח אוסטריה פעל היטלר לכיבוש צ'כוסלובקיה. במארס 1938 תבע מאדוארד בנש, נשיא צ'כוסלובקיה, לספח את חבל הסודטים – בעל החשיבות האסטרטגית והצבאית בשל ביצוריו, המכרות והתעשייה המתקדמת שהיו בו, לגרמניה, בטענה שרובו מיושב על ידי גרמנים שאינם נהנים משוויון זכויות. צ'כוסלובקיה דחתה את דרישתו.
בקיץ 1938 הורה היטלר לוורמאכט להתכונן לפלישה לחבל הסודטים, והעלה בכך את המתח הצבאי באזור. ראשי ממשלות בריטניה וצרפת פנו לצ'כוסלובקיה כדי ליישב את הסכסוך ודרשו להעניק אוטונומיה רחבה לגרמנים שחיו בחבל הסודטים, ולבסוף, נכנעו לכל דרישותיו של היטלר ו"בהסכם מינכן" שנחתם ב-30 בספטמבר 1938 על-ידי היטלר, צ'מברליין, דלדייה ומוסוליני, באה לקיצה הרפובליקה הצ'כוסלובקית הראשונה. במקומה קמה הרפובליקה הצ'כו-סלובקית השנייה, שבה לסלובקיה ניתן מעמד אוטונומי (שהודגש במקף בשם המדינה), חבל הסודטים נמסר לגרמניה וקרפטו רוס סופחה להונגריה. ב-14 במארס 1939, הכריז הכומר יוזף טיסו, ראש הממשלה האוטונומית של סלובקיה, על עצמאות סלובקיה, כמדינה גרורה לגרמניה, על גבול פולין.
עם שחר יום ה-15 במארס 1939, פלשו צבאות גרמניה הנאצית לצ'כו-סלובקיה, לאחר שנשיאה ד"ר אמיל האכה אולץ לחתום בפני היטלר בברלין על "הכרזה רשמית", ל"שמירת השקט, הסדר והשלום בחלק זה של אירופה המרכזית", ולהצהיר בה כי: "על מנת לשרת מטרה זו ולהשיג הרגעת רוחות, הופקד בביטחון גורל העם והארץ הצ'כים בידי מנהיג הרייך".
הרפובליקה הצ'כו-סלובאקית חדלה להתקיים. ארצות בוהמיה ומורביה הפכו בצו הפיהרר מה-16 במארס 1939, לשטח חסות של הרייך – הפרוטקטוראט של בוהמיה ומורביה. להלכה נשאר האכה הנשיא ואלואיס אליאש מונה לראש ממשלה בעלת מינהל אוטונומי. ואולם, כל הסמכות למעשה ניתנה לקונסטנטין פון נויראט, שב-18 במארס מונה על-ידי היטלר כרייכספרוטֶקטור של בוהמיה ומוראביה ולקארל הרמן פראנק ממנהיגי הגרמנים הסודטים, שמונה על-ידי הימלר לממלא-מקומו, בתואר מזכיר המדינה.
כבר ביום הפלישה החל הגסטאפו בגל מאסרים של פעילי ציבור צ'כים במסגרת 'מבצע סורגים'- Aktion Gitter . מגמת המדיניות הנאצית היתה לגרמן את הפרוטקטוראט ולהביא לשלילת הלאומיות והתרבות הצ'כית. לפיכך, מראשית הכיבוש הוחנקה התרבות הצ'כית והופעלו אמצעי טרור נגד האוכלוסיה, שמטרתם היתה לחסל את שורות ההנהגה המקומית, הפוטנציאל לתנועת התנגדות לאומית ומחתרת.
ב-28 באוקטובר 1939 ביום השנה לעצמאות צ'כוסלובקיה, פרצו הפגנות כנגד הכיבוש שדוכאו ביד רמה. מותו של סטודנט שנפצע בהפגנה הביא למהומות סטודנטים. הגרמנים דיכאו באכזריות את התסיסה האזרחית וכל האוניברסיטאות נסגרו. במבצע "אלברכט I", נאסרו אלפים ומאות מהם נשלחו למחנות ריכוז .
ב- 24 בספטמבר 1941 מינה היטלר את היידריך, ראש המשרד הראשי לביטחון הרייך, גם כממלא-מקום רייכספרוטקטור של בוהמיה ומורביה והשליט למעשה בפרוטקטוראט. היידריך פעל בנחרצות ל"גירמון" מלא של הפרוטקטוראט, "כנגד כל ניסיון לעצמאות הצ'כים", על-ידי שלילת סימני הממשל הלאומי הצ'כי, סיכול האפשרויות לפעילות חבלנית וטיהורו המיידי מיהודים. ב-27 בספטמבר 1941, הוכרז על מצב חירום בפרוטקטוראט ומשטר צבאי. הנשיא האכה אולץ להגיש את התפטרותו. אלפי אנשים נאסרו בעוון בגידה, חבלה ופשעים אחרים, ועד סוף נובמבר 1941 נדונו 342 מהם למוות והוצאו להורג וביניהם ראש הממשלה אליאש, ו-1,289 נמסרו לגסטאפו. צעדים מידיים אלה נועדו להתריע כנגד כל פעולת חבלה ועל מנת לכונן שקט מוחלט בפרוטקטוראט, "להראות לצ'כים מי האדון בבית."
היידריך הכיר בנחיצות עבודת האוכלוסיה הצ'כית בפרוטקטוראט עבור מאמץ המלחמה הגרמני. הוקמו משרדים מיוחדים לפקח על גיוסם הכפוי לעבודות ובמפעלים החיוניים למאמץ המלחמתי: הם עבדו במכרות פחם, במפעלי פלדה וברזל ובתעשיית הנשק או בייצור למען הצבא והעם הגרמני. ב-1943 הופסקה התעשיה האזרחית ו-350,00 צעירים צ'כים נשלחו לעבודות כפייה בגרמניה. האוכלוסיה הצ'כית סבלה ממחסור חמור במצרכים ובעיקר במזון, בעקבות התנקשות שני פרטיזנים צ'כים בחיי היידריך ומותו ב-4 ביוני 1942, חוסלו בפעולות עונשין בהוראת ק.ה. פראנק ובידיעת היטלר, שני כפרים צ'כיים: לידיצה ולז'אקי. הגברים נרצחו, הנשים נשלחו למחנה הריכוז רבנסבריק וכמאה ילדים נשלחו לגרמניה לתכנית "להשבחת הגזע", כדי שייחשבו כגרמנים, ומשלוח של 1,000 יהודים מבוהמיה שיצא ב-10 ביוני 1942 מפראג לטרזיינשטאט, נשלח ישירות להשמדה ב'מזרח', חלקם לסוביבור וחלקם למאיידנק.
במשך כל תקופת הפרוטקטורט סבלה האוכלוסיה הצ'כית מאובדן העצמאות והדמוקרטיה, מדיכוי אכזרי, רציחות המוניות של עשרות אלפים, עד שב-9 במאי 1945 נכנס הצבא האדום לפראג וסיים את הכיבוש הגרמני בבוהמיה ובמורביה.
המטרה הגרמנית המוצהרת הייתה "רייך ללא יהודים" ולכן ב-15 במארס 1939, נגזר דינם של 118,310 יהודי בוהמיה ומורביה לכליה. בכללם נמנו 30,000 פליטים יהודים: 10,000 שברחו מגרמניה, אוסטריה ורומניה ו-20,000, שגורשו מחבל הסודטים.
ב- 21 ביוני 1939, פירסם פון נויראט חוקים אנטישמיים בנוסח חוקי נירנברג, שהגבירו את איבת המפלגות הפאשיסטיות נגד היהודים. באותו יום הורה היידריך, על הקמתה של 'לשכה מרכזית להגירת יהודים' בפראג, כאחראית לטיפול ב"שאלת היהודים" בפרוטקטוראט, כדי לאחד את האמצעים והפעולות שננקטו נגדם וגם ליזום את הרחקת היהודים מהמרחב הבוהמי-מורבי, הגירתם מהרייך ותפיסת רכושם. ב-28 ביולי 1939 הועמד בראשה אדולף אייכמן, שאליה הגיע מווינה עם צוות עוזריו.
בספטמבר 1939, כשפרצה מלחמת העולם השנייה, הסתמן שינוי באווירה כלפי היהודים. גילויי אהדה לסבל היהודים היו אחד מביטויי השנאה לכיבוש הגרמני. ה"אריזציה" של מפעלים יהודיים והעברתם לידיים גרמניות חיזקה את היסוד האתני גרמני בפרוטקטוראט ופגעה במידה רבה גם בהון הלאומי הצ'כי.
באוקטובר 1939, ביזמתו של אייכמן יצאו שני משלוחים עם 1,292 גברים יהודים ממוראבסקה-אוסטרבה, כחיל חלוץ להקמת מחנה מעבר, לקראת הגלייתם של כ-5,000 יהודי הפרוטקטוראט, קאטוביץ ווינה לניסקו, ב"שמורה יהודית" המתכוננת באזור לובלין, ולמעשה לארץ גזרה.
ב-10 באוקטובר 1941 כינס היידריך בפראג את ראשי ה-ס"ס בפרוטקטוראט, לדון בצעדים הדרושים "לפתרון שאלת היהודים בפרוטקטוראט וחלקית ברייך הישן", והתייחס לגורלם של כ-88,000 היהודים שחיו אז בפרוטקטוראט וקבע את הקמתו של גטו טרזיינשטאט, כמחנה ריכוז ומעבר ליהודי בוהמיה ומורביה, עד לשילוחם ל'מזרח'. עוד באותו חודש נשלחו 6,000 מיהודי פראג וברנו ישירות ללודז' ולמינסק ו- 73,608 מיהודי הפרוטקטורט נשלחו לגטו טרזיינשטאט, שהתקיים מה-24 בנובמבר 1941 ועד לשחרורו ב-8 במאי 1945, מהם שרדו רק כ-7,500 נפש.
וקבלו עדכונים ואת עלון "דפי קשר" המקוון
